والطبعات المتداولة يقع في الأخطاء والأوهام لا محالة. ومن مستلزمات التحقيق العلمي جمع الأصول والنسخ القديمة المتقنة وإثبات الفروق بينها، وعدم الاكتراث بالنسخ المتأخرة الحديثة الخط، وتوخِّي الحذر من استخدام النسخ المطبوعة. وكان من منهج الشيخ مشهور حَشْد كل ما جاء في النسخ الخطية والمطبوعة متنًا وتعليقًا، وكلّما وجدَ زيادة في النسخ المطبوعة أثبتها في المتن واتَّهم النسخ الخطية بأن الزيادة المذكورة ساقطة منها.
والأخطاء التي وقعت في طبعته، منها ما اتفقت فيه النسخ الخطية والمطبوعة، ومنها ما تابع فيه الطبعات السابقة، ومنها أخطاء انفرد بها. ومما يستغرب أن أخطاء وقعت في أسماء الصحابة والتابعين ورجال الإسناد ومتن الأحاديث، وفاته تصحيحها مع صحة كثير منها في المصادر التي راجعها للتخريج والتوثيق. وفيما يلي نماذج من هذه الأخطاء:
- ١/ ١٩: من المقلين في الفتيا من الصحابة: «أبو اليُسر». كذا ضبط بضم السين، والصواب: أبو اليَسَر بفتح الياء والسين.
- ١/ ١٩: ومنهم: «عبد الله بن جعفر [البرمكي]». كذا أثبت، وعلّق بأن ما بين المعقوفين ساقط من (ق، ن، ك) يعني نسخه الخطية. والحق أن هذه الزيادة التي تابع فيها الطبعات السابقة مقحمة فيها، وقد أقحمها مَن توهم أن المذكور هنا عبد الله بن جعفر بن يحيى بن خالد بن بَرمَك البرمكي الذي روى عنه مسلم وأبو داود، وذهب عليه أن المذكورين في هذا الفصل جميعًا من الصحابة، والمقصود عبد الله بن جعفر بن أبي طالب.