في الآب والآب فيّ" ١٤: ١٠.

ويتعارض هذا الإنجيل مع الأناجيل الأخرى في أمور مهمة جدا وحاسمة:

- فهو يذكر أن المسيح ص٢لب يوم ١٤ نيسان "أبريل"، بينما يفهم من بقية الأناجيل أن الصلب كان يوم ١٥ نيسان.

- ولا يذكر يوحنا في إنجيله تفاصيل رواية القربان المقدس، أو العشاء الأخير، التي أصبحت فيما بعد شعيرة من شعائر المسيحية.

- ولا يذكر أن المسيح تعمّد بواسطة يوحنا المعمدان.

- وفي حين يفهم من إنجيل يوحنا أن رسالة المسيح استغرقت ثلاثة أعوام، فإنه يفهم من الأناجيل الأخرى أنها استغرقت عاما واحدا.

- ويوحنا هو الوحيد الذي ذكر أن المسيح أخبر تلاميذه قبل صلبه أنه سيرسل "الفارقليط".

- ولقد أوردت الموسوعة البريطانية قول الأسقف "بابياس" - المتوفى سنة ١٣٠ م- أي المعاصر لمرحلة كتابة الأناجيل - عن وجود أكثر من يوحنا - يوحنا بين زبدي، الحواري..