كانت الحكمة ناصعةً في إنشاء الجامع، بل هي أشد نصوعًا ووضوحًا فيه منها في غيره من المساجد الجوامع؛ إذ أن دولة الفاطميين دولة الشيعة.

والجامع الأزهر هو أول مسجد أقامته الشيعة بمصر؛ فقيامه إذن رمز لسيادة هذه الدعوة الجديدة التي هي دعوة الشيعة، كما كانت القاهرة المعزية رمزًا لنصرة الدولة الجديدة وسيادتها.

كان ذلك هو الغرض من إنشائه أول الأمر، ولكن تَقَلُّبَ الدول، وكر الأعصر، أنهاه إلى هذه الحياة العلمية الخصبة، وجعله أرفع جامعة إسلامية تاريخية.