* الإمام وعلوم القرآن:
وجَّه الإمام محمد الخضر حسين بالغَ اهتمامه وعنايته إلى القرآن الكريم، كتابِ الله الذي ﴿لَا يَأْتِيهِ الْبَاطِلُ مِنْ بَيْنِ يَدَيْهِ وَلَا مِنْ خَلْفِهِ تَنْزِيلٌ مِنْ حَكِيمٍ حَمِيدٍ﴾ [فصلت: ٤٢].
وإلى جانب ما عمله من تفسير بعض الآيات القرآنية الكريمة في كتابه "أسرار التنزيل"، فقد تصدى وردَّ على كل مَنْ حاول تحريف آياته، أو راح يهذي في تأويلها، أو يُلْحد بها.
كما تناول بلاغة القرآن وإعجازه وفصاحته في مقالاته، وأبدى رأيه في تفسير القرآن، ونقل معانيه إلى اللغات الأجنبية، أو ترجمته إلى اللغات الأخرى، وجاء كتابه "بلاغة القرآن" حجة على ضلوعه في علوم القرآن.
* الإمام والسيرة النبوية:
نعمتان عظيمتان مَّن الله تعالى بهما على عباده: القرآن الكريم، وبعثة محمد ﷺ إلى الناس كافة هاديًا ومبشرًا ونذيرًا.
والإمام محمد الخضر حسين الذي أتقن علم التفسير وعلوم القرآن، قال: "طالعْ كتبَ التاريخ، عربيةً وغيرَ عربية، وأمعنِ النظرَ في أحوال عظماء الرجال، من مبدأ الخليقة إلى هذا اليوم، فإنك لا تستطيع أن تضع يدك على اسم رجل من أولئك العظماء، وتقصَّ علينا سيرته ومزاياه وأعماله الجليلة، حديثًا يضاهي أو يداني ما نحدثك به عن هذا الرسول العظيم".
لم يكتب الإمام السيرة النبوية شاملة، وإنما تناول منها بحوثًا كان يلقيها في محاضرات بالمناسبات الدينية، أو مقالات في المجلات ...
له رسالة بحجم صغير بعنوان: "محمد رسول الله وخاتم النبيين"، تحدث فيها عن سيرته ﷺ بشكل كامل وموجز، وله بحوثه في نواحٍ معينة