توفي الوزير أبو الفضل ابن الفرات بمصر في شهر ربيع الأول سنة إحدى وتسعين وثلاثمائة. وذكر الحافظ أبو سعد المروزي أن مولد الوزير أبي الفضل هذا كان في ذي الحجة سنة ثمان وثلاثمائة وأنه توفي بمصر سنة تسعين وقيل: سنة إحدى وتسعين وثلاثمائة. وقال: «كان كثير السماع عظيم الرئاسة محسنا إلى العلماء، ولي الأمر بمصر وقصده العلماء من كل ناحية وبسببه سار الدارقطني الإمام إلى مصر» .