وفي كلّ هذه الأبواب عالج المؤلف اختلاف القراء في إثبات الهمز وتركه. وبعد أن أنهى البحث فيما يتعلّق بالهمزة الساكنة أخذ بالكلام على الهمزة المتحركة وبالطّريقة عينها التي عالج بها موضوع الهمزة الساكنة. فالباب الأول في الهمزة المتحركة في محل الفاء في الأسماء والأفعال وقسم هذا الباب إلى قسمين: القسم الأول يختلف إعراب الهمزة وإعراب الحرف الذي قبلها نحو قوله تعالى: يَؤُسًا (الإسراء ٨٣)، مُؤَجَّلًا (آل عمران ١٤٥)، ومُؤَذِّنٌ* (الأعراف ٤٤، يوسف ٧٠). والقسم الثاني يتفق إعرابها وإعراب الحرف الذي قبلها نحو قوله تعالى: تَأَخَّرَ* (البقرة ٢٠٣، الفتح ٢)، وتَأَذَّنَ* (الأعراف ١٦٧، إبراهيم ٧)، و(مآب) (آل عمران ١٤ وغيرها). والباب الثاني في الهمزة المتحركة في محل العين في الأسماء والأفعال نحو قوله تعالى: يَسْأَمُونَ (فصلت ٣٨)، وسَأَلَ (المعارج ١)، وفَسْئَلُوا* (النحل ٤٣، الأنبياء ٧)، والْفُؤادَ* (الإسراء ٣٦ وغيرها). والباب الثالث في الهمزة المتحركة في محل اللام في الأسماء والأفعال نحو قوله تعالى: قُرِئَ* (الأعراف ٢٠٤، الانشقاق ٢١)، واسْتُهْزِئَ* (الأنعام ١٠ وغيرها)، و(منشئون) (الواقعة ٧٢)، ومَوْطِئًا (التوبة ١٢٠)، و(مالئون) (الصافات ٦٦، الواقعة ٥٣). وأخيرا باب الهمزة المتحركة في أول الكلم نحو (إنك)، و(لأنه)، و(كأن)، و(بأنهم) ونحو ذلك. وحين انتهى من بحث الهمزة المفردة أتى إلى بحث المد والقصر الذي عالجه في باب واحد سماه: «باب تمكّن المدّ للهمز» تناول فيه اختلاف القراء في أحوال المد وعدم المد من حيث طول المدّ وقصره في كلمة أو كلمتين كقوله: بأن ابن كثير وأبا عمرو ويعقوب وقالون عن نافع، وهشاما عن ابن عامر لا يمدون الألف والواو والياء إذا أتى بعدهن همزة وكانا من كلمتين بل يمكّنون حرف المد في ذلك من غير وقفة ولا زيادة مد كقوله تعالى: بِما أُنْزِلَ إِلَيْكَ وَما أُنْزِلَ مِنْ قَبْلِكَ (البقرة ٤)، فِي آذانِهِمْ* (البقرة ١٩ وغيرها)، وَفِي أَنْفُسِكُمْ (الذاريات ٢١) ونحو ذلك. ثم ذكر أنه إذا كان حرف المد والهمزة في كلمة واحدة فإنهم أجمعوا على المد وإنهم يتفاضلون فيه على قدر مذاهبهم في التّجويد والتّحقيق ومثّل لذلك بنحو قوله تعالى: مِنَ السَّماءِ ماءً* (البقرة ٢٢ وغيرها)، وسُوءَ الْعَذابِ* (البقرة ٤٩ وغيرها)، وجِيءَ* (الزمر ٦٩، الفجر ٢٣)، وسِيءَ* (هود ٧٧، العنكبوت ٣٣).