عند هذه الآية قرر أن يقوم بدراسة متحررة للكتاب المقدس، فقرر الاستقالة من عمله، وفي ٣١ مايو ١٩٦٠م أشهر إسلامه وغيَّرَ اسمه من إبراهيم خليل فيلبس إلى إبراهيم خليل أحمد، كما غيَّرَ أسماء أولاده على النحو التالي: إسحق إلى أسامة، وصموئيل إلى جمال، وماجدة إلى نجوى، وقد فارقَتْه زوجتُه بعد أن استنكرت عليه وعلى أولاده الإسلام ثم عادت ورجعت إليه فيما بعد. وقام إبراهيم خليل بعد إسلامه بإلقاء عدد من المحاضرات في علم «الأديان المقارن» بالمساجد في مدن الإسكندرية والمحلة الكبرى وأسيوط والمنيا وسوهاج وأسوان وفي بعض كليات الجامعات المصرية، فاعتنق كثير من الشباب النصراني الإسلام عندما استبانت له الحقيقة. * وفي عام ١٩٧٥م طُلِب منه تقديم محاضرة بكلية أسيوط، فتكلم عن المسيح ﵇ وعن الرسول ﵌ من خلال الأناجيل والتوراة، وكان للمحاضرة صدى واسع انتهى بإعلان ١٧ من الشبان أبناء الجامعة إسلامهم. * التقي - مع الدكتور جميل غازي ﵀ - بـ ١٣ قسيسًا عام ١٤٠١هـ بالسودان في مناظرة مفتوحة انتهت باعتناقهم الإسلام جميعًا وهؤلاء كانوا سبب خير وهداية لغرب السودان حيث دخل