طباطبائي وعاد إلى قم يستقبل جماهير الشعب كمرشد للثورة يلقي فيهم الخطب اليومية كلما اجتمع على بابه رهط من الناس ولكن في الوقت نفسه استولت زمرته على اربعة من اهم المرافق الحيوية في البلاد: ١. الحرس الثوري، الذي تم تشكيله منذ الايام الاولى من نجاح الثورة. ٢. اللجان الثورية التي شكلت في المساجد وعلى رأس كل واحدة منها رجل من رجال الدين المحسوبين على الخميني. ٣. المحاكم الثورية التي بدأت بتصفية المعارضين ورجال العهد الملكي فورا. ٤. الاذاعة والتلفزيون. وفي الاسبوع الاول من العهد الجديد حكمت محكمة الثورة على خمسة من رجال العهد القديم بما فيهم الجنرال نصيري رئيس السافاك واعدموا فور صدور الحكم على سطح المدرسة التي كان يسكنها الخميني في طهران، واجريت المحاكمة بصورة سريعة وسرية مما ادهشت العالم وذلك لان تلك الشخصيات بما فيهم نصيري كانوا اهم ركائز العهد القديم وكان يمكن الحصول منهم على معلومات قيمة عن اسرار الدولة التي ولت الادبار، واعلن بازركان ان لاعلم له بهذه المحاكمات وبالاعدامات وانه لايرضى الا بمحاكمات عادلة وفق اصول متبعة في كل انحاء العالم، ولكن نداء بازركان لم يلق اذنا صاغية واستمرت المحاكم في محاكماتها وظهر للشعب ان الخميني هو وراء هذه المحاكمات وهو الذي يعين القضاة بأمره الخاص، وهكذا ظهرت قوة تنفيذية جديدة تفعل ما تشاء وتحكم ما تريد ولا سلطان للدولة عليها. اما حرس الثورة واللجان الثورية فكان كلا منهما دولة في دولة لا تقل شأنا وخطورة عن المحاكم الثورية، لقد كانت باستطاعة أي منها ان ترسل رجالها إلى منزل رئيس الدولة في أي وقت تشاء لتقبض عليه وتجره إلى حيثما تريد وتشاء. وبذلك ظهرت في البلاد ثلاث قوى تنفيذية اضعفها