وتكوين العقيدة وظهور اتجاهات الزندقة. فكان لذلك آثار سلبية أهمها توقف البحث في القدرات العقلية وتنميتها، ثم انحسار أجواء الحرية العقلية، واضطهاد الخائفين في هذا الميدان.
وأخيرًا انتهت تربية القدرات العقلية، ومهارات التفكير إلى حالتين: الأولى، الوقوف عند العناية بالقدرة على الحفظ كما هو الحال في مؤسسات التربية العاملة في ميدان الفقه والعلوم الدينية. والثانية، تقليل قيمة القدرات العقلية وإهمالها إهمالا كاملا كما هو واضح عند الصوفية وفرق الشيعة المتطرفة، حيث حصرت الأولى منهج المعرفة بما أسمته الإلهام، وحصرته الثانية في شخص الإمام.
ويمكن أن نمثل لما انتهت إليه حالة القدرات العقلية عند الفئات المشار إليها بالشكل التالي:
وهذان الشكلان الأخيران من تربية القدرات العقلية، ورثتهما مؤسسات التربية الإسلامية في العصر الحديث.