ومن ولاة السودان الذين يذكرون بحسن الإدارة موسى باشا حمدي، فإنه قدم تلك البلاد على عهد سعيد باشا وإسماعيل باشا (1863-1865) وقمع الثورات في كردوفان، وألف مجلسا من الأعيان والوجوه، ووضع نظاما لجمع الضرائب وجعلها ثلاثة أنجم في السنة، وعين من الأهالي نظار أقسام ومعاونين، وألبسهم الملابس التركية، وطرد الأحباش من القلابات، وفي أيامه وصل إلى الخرطوم صموئيل باكر وزوجته؛ لاكتشاف منابع النيل الأبيض، ولمقابلة غرانت وسبيك اللذين أرسلتهما الجمعية الجغرافية الإنكليزية للغرض ذاته سنة 1858 بطريق زنجبار، وكانت إحدى الحملات العلمية التي أرسلها محمد علي سنة 1841 وقد وصلت إلى غاندوكرو.
ولما تولى إسماعيل باشا في 18 يناير 1863 جاء موسى باشا إلى مصر فأطلع إسماعيل باشا على حالة البلاد فأنعم عليه برتبة الفريق وأبقاه في منصبه إلى أن توفي هناك في 6 مارس 1865.
وخلفه جعفر باشا صادق، وفي ولايته عصى الجهادية في كسلة وعددهم أربعة آلاف جندي من السودانيين وألف من الباشبوزق الترك والشايقية؛ لأنهم لم يتناولوا رواتبهم، فتوسط بالأمر السيد محمد المرغني مؤسس الطريقة المرغنية فأعطاهم رواتبهم وأعادهم إلى الطاعة وساروا للغزو الذي رفضوا القيام به عند صدور الأمر لهم بذلك، وحاكم جعفر باشا العصاة وأدبهم تأديبا شديدا جدا.
وتلاه جعفر باشا مظهر (1866-1871)، وعلى عهده ضمت سواكن ومصوع إلى السودان (1866) وأوفده إسماعيل باشا إلى سواحل البحر الأحمر، وفي سنة 69 أرسل البلالي إلى بحر الغزال لاحتلاله، ووصل السير صموئيل باكر من مصر لتولي إدارة خط الاستواء ولمنع تجارة الرقيق.
وبعد عزل جعفر باشا مظهر سنة 1871 ولي ممتاز باشا (1871-1873) فأدخل إلى السودان زراعة القطن المصري، ولكنه أكثر من طلب الرشوة فشكاه السودانيون إلى إسماعيل باشا، فأمر بالقبض عليه والتحقيق معه وعزله.
وبعد عزله ولي إسماعيل باشا أيوب (1873-1877) فكانت فاتحة أعماله إزالة السدود من النيل الأبيض حتى انطلقت فيه المراكب، وقسم البلاد إلى مديريات وجعل كل مدير مسئولا عن مديريته، وعلى عهده عاد باكر من خط الاستواء وخلفه غوردون بطلب ولي عهد إنكلترا، وفي عهد ولايته فتحت دارفور وضمت إلى السودان على يد الزبير باشا، وأرسل إسماعيل باشا هيئتين علميتين لدرس حالة دارفور، وأرسل يرسم طريق السكة الحديدية من مصوع إلى كسلة، واحتل سنهيت لهذا الغرض، وابتاع إقليم آيلت من صاحبه لوقوعه وسط الأملاك المصرية بين حماسيم ومصوع، فأغضب ملك الحبشة يوحنا الذي رفع الأمر إلى الدول ولا سيما إنكلترا، فلم يهتم له إسماعيل باشا، ووجه نظره إلى هرر، وهي سلطنة إسلامية منذ الفتح الإسلامي مات سلطانها أحمد فاستبد بالأهالي خلفه محمد، فطلبوا من إسماعيل باشا واليا عليهم فقبل أن يجيب طلبهم وابتاع بربر وزيلع ميناءي هرر من الباب العالي مقابل 13365 جنيها في السنة (يوليو 1875)، وفي شهر سبتمبر 1875 أرسل رءوف باشا بحملة إلى هرر فقبض على الأمير محمد وقتله، وظلت هرر مصرية إلى أن أخلوها مع أقاليم السودان.
وكانت حماسيم سبب الحرب مع الحبشة وانكسار المصريين في 11 نوفمبر 1875 وفي 8 مارس 1876.
وخلف غوردون باشا إسماعيل باشا أيوب (77-79) فملأ السودان بالموظفين الأجانب، وبدأت الثورات كثورة السلطان هارون في دارفور، وثورة سليمان بن الزبير، وثورة رابح مولى الزبير، وثورة الصباحي في دارفور.
وفي سنة 77 بدأ إسماعيل باشا بمد الخط الحديدي من حلفا إلى الخرطوم، ولكنه لم يمد منه سوى 50 ميلا.
ولما خلف توفيق باشا إسماعيل باشا على عرش مصر (25 يونيو 1879) كان غوردون حاكما على السودان فاستعفى (7 سبتمبر 1879) فعين رءوف باشا خلفا له، وفي سنة 1880 قامت الثورة في الصومال فأخمدها حاكم هرر، وتلتها الثورة العرابية بمصر، ثم ثورة محمد أحمد.
অজানা পৃষ্ঠা