ترتيب أبواب الكتاب يخالف ما عهدناه من الترتيب فيما نتداوله من الكتب التي بين أيدينا، فلا يأتي بالمرفوعات كلها على حدة ثم المنصوبات والمجرورات مثلا، بل بعضها ممزوج ببعض، كما رأينا ذلك وأنا أسرد أبواب الكتاب، فينتقل من الفاعل إلى المفعول، ثم بعد أبواب كثيرة يذكر المبتدأ والخبر، وهكذا.
ثانيا:
لا يسير في ترتيب أبوابه وفصوله على الطريقة المنطقية الدقيقة، فيقدم أبوابا من حقها أن تتأخر، ويؤخر أبوابا من حقها أن تتقدم، ويضع فصولا في غير موضعها الطبيعي، فهو يتحدث عن المسند إليه والمسند، وكان من اللائق أن يستوفي أبواب المسند إليه، من مبتدأ وفاعل وغيرهما، ثم يعود إلى المسند ليستوفي أنواعه وأحكامه، ولكنه لم يتبع ذلك، وكثيرا ما تقول - وأنت تقرأ الكتاب - ليت ذلك الباب وضع هنا، أو ليت ذلك الفصل قد انتقل إلى هناك.
ثالثا:
يذكر سيبويه الباب العام، ثم يعقد لكل مسألة من مسائله تقريبا بابا خاصا يعالجها، فهو يعنون مثلا للتصغير، ويذكر صيغه المختلفة، ثم يعقد أبوابا للمسائل الجزئية فيه، فتجد بابا لتصغير ما يكون على خمسة أحرف، وآخر لتصغير المضاعف، وبابا لتصغير ما كان على ثلاثة أحرف ولحقته الزيادة للتأنيث، وأبوابا أخرى لفروع التصغير المختلفة.
رابعا:
يذكر مسائل في أبواب نضعها نحن تحت عنوانات أخرى، فمثلا هو يعد في أبواب الفاعل بابا للفاعل الذي لم يتعده فعله إلى مفعول، وبابا آخر للفاعل الذي يتعداه فعله إلى مفعول، وبابا ثالثا للفعل الذي يتعداه فعله إلى مفعولين، بينما نحن الآن نضع ذلك تحت عنوان الفعل المتعدي واللازم.
خامسا:
لا يذكر دائما مسائل الباب الواحد سلسلة متصلة متتابعة، بل يذكر بعضها في موضع وبعضها الآخر في موضع ثان، بعد أن يفصل بينهما في كثير من الأحيان بأبواب أخرى، وتذكر هذه المسائل لمناسبات تستدعيها.
سادسا:
صفحة غير معروفة