لكن السيرة التي كتبت بعد وصول جعفر للسلطة باثني عشر عاما لا تذكر شيئا عن ذلك. فقد كانت هناك خلافات بين ذي الشرفين وأخيه سنان الدولة أحمد لأسباب مجهولة، أدت إلى افتراق مؤقت بينهما وتمرد للأخير بصعدة(1). لكن الأزمة ما لبثت أن انتهت، والسيرة تذكر سنان الدولة بين المعزين لجعفر والمبايعين له. وكان محمد ابن الشريف الفاضل يملك حظوظا طيبة للخلافة بعد وفاة ذي الشرفين. وفي السيرة وصية منسوبة لذي الشرفين تسمي محمد بن الفاضل، وجعفر بن ذي الشرفين باعتبارهما قد صارا "كبيري هذه الذرية"(2). وكان عمدة الإسلام جعفر قد عين محمدا آمرا على قلعة شهارة. وليس في السيرة ما يفيد أن محمدا تسبب بعدها بأي إزعاج لابن عمه. ويصف مفرح شهارة زمن كتابته للسيرة باعتبارها مدينة شديدة الازدهار، فقد بلغ عدد منازلها 511 منزلا. وكان الأمير عمدة الإسلام قد أمر بتمهيد طريق من أسفل الجبل يمكن من وصول الجمال إليها. كما بنى قبة بثلاثة أبواب على قبر والده(3).
صفحہ 37