ولما كان كتاب "بغية النقاد" من فصيلة التعقيبات العلمية بين العلماء، ثم إنه اشتمل على كثير من الأحاديث التي يدور موضوع تعقيبها على علم العلل، وهذه للعلماء فيها مآخذ قد تختلف بين هذا وذاك. ثم إن موضوع الكتاب يتناول أحاديث الأحكام، والحكم على الحديث فيها بالصحة أو الحسن أو الضعف يترتب عليه أمور أخرى تتعلق بالحكم الشرعي في أفعال العباد وبالحلال والحرام؛ ... كل هذا وغيره كفيل بأن يجعل أمر تحقيق هذا المخطوط يتطلب المنهج الثاني. ولهذا لا ضير إذا توقفت عند التعقيبات الواردة في الكتاب بالرجوع إلى مظانها واستحضار ونصوصها من مصادرها المنقولة منها، ثم تتبع جزئياتها لتمحيصها وبيان وجهها، بل ومناقشتها -حسب ما يتطلبه المقام- لاستصواب ما كان صوابًا، والتعقيب على ما يحتاج لذلك. وهذا مجمل هذه الخطوات: ١ - لما كانت نسخة المخطوط فريدة فإني اعتمدت في المقابلة ببنها وبين الأصول التي نقلت منها، كما قابلت بينها ويين النصوص المنقولة عنها، كما أمكنني ذلك. وهذا ما جعلني في كثير من الأحيان أطمئن لسلامة النص. ٢ - قمت بوضع ترقيم مسلسل للأحاديث الواردة في المخطوط، باعتبار أنه يتكلم على كل حديث منها وما فيه من وهم أو علة ... ٣ - جعلت بداية كل حديث من الأحاديث المتعقبة في صفحة جديدة إشعارًا مني بالمنهج الذي سار عليه المصنف في تعقيبه؛ حيث جمع الأحاديث المتعقبة التي يجمعها جامع واحد في فصل أو باب، وفصل بينها بعبارة دالة على هذا الفصل مثل: (وذكر)، ونحوها، وذلك عند ذكر كل حديث. ٤ - خرجت الأحاديث تخريجًا مسهبًا -في قسم التحقيق- تناولت فيه أمورًا؛ منها: