ولما رأى الصحافة في سورية ضيقة النطاق عدل إلى إنشاء الصحف فحرر مع آله الجنان والجنة والجنينة وكان الجنان مجلة تتضمن المباحث السياسية الحرة والمقالات العلمية والتاريخية والأدبية ثم عهد إلى ابنه سليم مواصلة هذا العمل وأبتدأ أول دائرة علمية ظهرت في اللغة العربية فأبرز منها سبعة أجزاء قبل وفاته. وكان المعلم بطرس مع وفرة هذه الأعمال يتعاطى التدريس فأنشأ في بيروت مدرسته الوطنية التي نالت بهمته نجاحًا إلى أن اضطرته أعباء الأشغال إلى انتداب ابنه سليم إلى إدارتها ثم أقفلت بعد حين. وكانت وفاة المعلم بطرس فجأة في غرة أيار سنة ١٨٨٣ وممن رثاه الشيخ خليل اليازجي فقال من قصيدة:

يا قُطرْ دائرة المعارفِ والحجى ... ومحيط فضل فاض في إمدادهِ

تبكي العلوم عليك واللغة التي ... بقريضها توثيك في إنشادهِ

فإذا المحيط بكاك لم يكُ دمعهُ ... دون المحيط يزيد في إزبادهِ

يبكي الحسابُ عليه متَّخذا لهُ ... دمعًا يسيل عليك من أعدادهِ

تبكي المدارس والجرائد حسرةً ... والشرق بين بلادهِ وعبادهِ

وفي السنة الثانية ١٨٨٤ نشبت مخالب المنون في نجله (سليم البستاني) وكان سليم يتقيل أباه في نشاطه وهمته وآدابه وقد ساعده في تحرير مجلة الجنان فكتب فيها فصولًا واسعة وتولى إدارة صحيفة الجرائد وأنجز الجزء السابع من دائرة المعارف ونشر الجزء الثامن. ولم يظهر من هذا التأليف بعد ذلك إلا ثلاثة أجزاء تولى نشرها شقيقاه البستانيان نجيب ونسيب ولا سيما أن عمهم سليمان النابغة الشهير المتوفى حديثًا ولعل الباقي أن ينشر أبدًا. وكان الأجدر بمؤلف هذه الدائرة أن يقسم الشغل على جملة من الكتبة فيتولى كل منهم تحرير القسم الخاص به فأن ذلك كان أضمن لإنجازها فضلًا عن كونه أشمل لموادها وأوفى بفوائدها فإن هذه الدائرة مع محاسنها بعيدة عن الدوائر الأوربية التي يتولاها قومٌ من الاختصاصيين. ومن أكبر خللها أن موادها الشرقية فان مؤلفيها نقلوا خمسة أو ستة من الكتب العربية الشائعة ولم يعنوا بالبحث عن كثير من المطالب التي تهمنا من تاريخ بلادنا.

ولسليم البستاني روايات قصصية نشر كثيرًا منها في الجنان وروايات تمثيلية كرواية الإسكندر وقيس وليلى جرى تمثيلها في الجمعية السورية وكان أحد أعضائها