كتاب "الأسماء والكنى"١.
كتاب "التاريخ"٢.
كتاب "الصحابة"٣.
"كتاب في الجرح والتعديل"٤
"الثلاثيات"٥
١ كتاب "االزهد"، وكتاب "الأسماء والكنى" ذكرهما ابن حجر في "تهذيب التهذيب" ٩/٣٨٩ فقال: "ولأبي عيسى كتاب الزهد مفرد لم يقع لنا وكتاب الأسماء والكنى". وانظر: "تدريب الراوي"/٥١٦.
٢ ذكره ابن نديم في "الفهرست"/٢٣٣ وانظر: "تدريب الراوي"/٥١٦ و"الأعلام" للزركلي ٧/٢١٣
٣ ذكره ابن كثير في "البداية والنهاية" ١١/٦٦ وقد وصل إلينا باسم "تسمية أصحاب رسول الله ﷺ مخطوط في مكتبة لاله لى بتركيا تحت رقم (٢٠٨٩) ويقع في إحدى عشرة ورقة وتاريخ نسخه القرن السابع الهجري. "تاريخ التراث العربي" لسزكين (١/٢٥١) .
كما ذكر سزكين أيضًا وجود نسخة أخرى منه مخطوطة في مكتبة شهيد علي بتركيا تحت رقم (٢٨٤٠/١) تقع في ١٦ ورقة وتاريخ نسخها سنة ٧٣٦؟. "تاريخ التراث العربي" لسزكين ١/٢٥١
٤ ذكره ابن كثير في "البداية النهاية" ١١/٦٦ نقلا عن أبي يعلى الخليلي، وأقول: لعله يريد به كتاب "العلل الصغير" الذي ملحق بجامع الترمذي فإنه مشتمل على حرج وتعديل كثير.
٥ مخطوط في مكتبة "أياصوفيا" بتركيا تحت رقم (٧٨٨٢) ويقع في ورقتين. "تاريخ التراث العربي" لسزكين ١/٢٤٥.