مجلدات وهي نسخة فيض الله، ومنها ما هو في أربعة مجلدات، وهي نسخ مكتبات عاطف وجار الله. ومما وصل إلينا من كتبه (الجامع الصغير)، وهو كتاب مبارك، مشتمل على نحو ألف وخمسمائة واثنتين وثلاثين مسألة، قد ذكر فيه الاختلاف في مائة وسبعين مسألة، ولم يذكر القياس والاستحسان إلا في مسألتين، وقدر الله سبحانه الذيوع البالغ له أيضًا حتى شرحه أئمة أجلاء استقصى الشيخ عبد الحي اللكنوي في (النافع الكبير لمن يطالع الجامع الصغير)، ذكر شراحه، ومن جملة رواته في إثبات الشيوخ: الجوزجاني، وأبو حفص، وعلي بن معبد، وبوبه: أبو طاهر الدباس، والزعفراني، وليس فيه غير سرد المسائل. وكان سبب تأليفه: أن أبا يوسف طلب من محمد بعد فراغه من تأليف (المبسوط) أن يؤلف كتابًا يجمع فيه ما حفظه عنه مما رواه له عن أبي حنيفة، فجمع هذا الكتاب، ثم عرضه فقال: نعما حفظ عني أبو عبد الله إلا أنه أخطأ في ثلاث مسائل، فقال محمد: ما أخطأت ولكن نسي الرواية، ويقال: إن أبا يوسف مع جلالة قدره كان لا يفارق هذا الكتاب في حضر ولا سفر. ومن كتب محمد أيضًا: (السير الصغير): يرويه عن أبي حنيفة، وحاول الأوزاعي الرد على أبي حنيفة فجاوبه أبو يوسف، وكتابه هذا أصل (للسير الصغير)، ومنها: (الجامع الكبير)، وهو كتاب جامع لجلائل السائل، مشتمل على عيون الروايات ومتون الدرايات بحيث كاد أن يكون معجزًا كما يقول الأكمل في شرحه على تلخيص الخلاطي لـ (الجامع الكبير)، وقال الإِمام المجتهد أبو بكر الرازي في شرحه على (الجامع الكبير): كنتُ أقرأ بعض مسائل الجامع الكبير على بعض المبرزين في النحو، يعني أبا علي الفارسي، فكان يتعجب من تغلغل واضح في هذا الكتاب في النحو، وقد أقر جماهير أهل العلم باستبحار واضعه في العربية، وبأنه حجة في اللغة، كما أنه حجة في الفقه، وقد أقر بذلك ابن تيمية في مواضع على انحرافه من أهل الرأي، وقد شرح هذا الكتاب عشرات من الأئمة.