لم تقتصر دعوة القرآن إلى العلم والبحث والتفكر على ما ذكرت من مظاهر الحياة والأحياء في السموات والأرض، بل امتدت إلى أساس العقيدة الإسلامية نفسه، فلا إيمان إلا بالاقتناع والحجة، ولا يقين إلا بالبحث والتأمل. والله الواحد الأحد يقيم الدليل تلو الدليل على وحدانيته، داعيا عباده أن يناقشوا هذه الأدلة بالمنطق والعقل، وأن يؤسسوا إيمانهم على الحجة والاقتناع، وهو لذلك يضرب الأمثلة من واقع حياة الناس ومعاشهم. يقول سبحانه في سورة الأنبياء: ﴿لَوْ كَانَ فِيهِمَا آلِهَةٌ إِلَّا اللَّهُ لَفَسَدَتَا فَسُبْحَانَ اللَّهِ رَبِّ الْعَرْشِ عَمَّا يَصِفُونَ﴾ وفي سورة "المؤمنون". ﴿مَا اتَّخَذَ اللَّهُ مِنْ وَلَدٍ وَمَا كَانَ مَعَهُ مِنْ إِلَهٍ إِذًا لَذَهَبَ كُلُّ إِلَهٍ بِمَا خَلَقَ وَلَعَلَا بَعْضُهُمْ عَلَى بَعْضٍ سُبْحَانَ اللَّهِ عَمَّا يَصِفُون﴾ وينتقل القرآن من دليل إلى دليل ليثبت وحدانية الله، وإنه لا شريك له ولا ولد، وأن من يتخذون من دون الله أربابا إنما يعبدون باطلا. والمنطق والعقل يرفضان أن يكون لله شريك، تعالى الله عما يفترون. ومن هذا يقول المولى جل وعز في سورة الحج: ﴿يَا أَيُّهَا النَّاسُ ضُرِبَ مَثَلٌ فَاسْتَمِعُوا لَهُ إِنَّ الَّذِينَ تَدْعُونَ مِنْ دُونِ اللَّهِ لَنْ يَخْلُقُوا ذُبَابًا وَلَوِ اجْتَمَعُوا لَهُ وَإِنْ يَسْلُبْهُمُ الذُّبَابُ شَيْئًا لَا يَسْتَنْقِذُوهُ مِنْهُ ضَعُفَ الطَّالِبُ﴾ وفي سورة فاطر: ﴿قُلْ أَرَأَيْتُمْ شُرَكَاءَكُمُ الَّذِينَ تَدْعُونَ مِنْ دُونِ اللَّهِ أَرُونِي مَاذَا خَلَقُوا مِنَ الْأَرْضِ أَمْ لَهُمْ شِرْكٌ فِي السَّمَاوَاتِ أَمْ آتَيْنَاهُمْ كِتَابًا فَهُمْ عَلَى بَيِّنَةٍ مِنْهُ بَلْ إِنْ يَعِدُ الظَّالِمُونَ بَعْضُهُمْ بَعْضًا إِلَّا غُرُورًا﴾