وكانت وفاته في سحر ليلة الجمعة ١٩ من جمادى الأولى سنة ٩١١ هـ. ودُفِن في حوش قوصون خارج باب القرافة بمصر كما في ذيل الشعراني والكواكب السائرة والشذرات، وحو ض قوصون هذا تحت القلعة لا عند جامعه الكبير ما حقَّقه الأستاذ العلامة أحمد تيمور باشا في كتابه "قبر الإمام السيوطي"، أغدق الله على ضريحه سحائب رحمته، وأدخله فسيح جَنته.