كانون الثاني ١٩٥٤ م).
وله في مشيخة الأزهر مواقف جليلة:
- منذ تقلد المنصب وهو يحتفظ في جيبه باستقالة محررة، ونسخة منها يحتفظ بها مديرُ مكتبه، وقال له: إذا أحسستَ بضعفي في موقف من المواقف، فقدم استقالتي نيابةً عني.
- وفي مشيخة الأزهر كان يقول: "إن كانت جنّة، فقد دخلتُها، وإن كانت نارًا، فقد خرجتُ منها".
- بعد اختياره شيخًا للأزهر، زاره اللواء محمد نجيب للتهنئة، وبعد مدة زاره السيد حسن الشافعي عضوُ قيادة الثورة، وأخبره أن اللواء نجيب يستدعيه للتشاور في بعض المسائل: فغضب الإمام - وقلّما يغضب - وأخرج ورقة من دُرْج مكتبه، وكتب عليها استقالته، وقال للسيد الشافعي: "قل لسيادة الرئيس: إن شيخ الأزهر لا ينتقل إلى الحاكم".
- وقوله: "إن الأزهر أمانة في عنقي، أُسَلِّمها حين أُسَلِّمها، موفورةً كاملة، وإذا لم يتأتَّ أن يحصل للأزهر مزيد من الازدهار على يدي، فلا أقلَّ من أن لا يحصل له نقص".
- وقوله: "يكفيني كوب لبن، وكسرة خبز، وعلى الدنيا بعدها العَفاء".
* وفاة الإمام:
انتقل الإمام محمد الخضر حسين إلى الرفيق الأعلى - وعيونُ الناس دامعة، وقلوبهم حزينة - بعد ظهر يوم الأحد في (١٣ رجب ١٣٧٧ هـ - ٢ شباط ١٩٥٨ م). ودفن - بناء على وصيته - إلى جانب رفيقه العلامة أحمد