السَّجْنَة الثالثة: بمصر لمدة أيام قليلة ابتداء من ٣/ ١٠/ ٧٠٧ بسبب استعداء السلطة عليه من المتصوفة بالقاهرة؛ لمنعه الاستغاثة والتوسل بالمخلوقين، وكلامه في ابن عربي، فعقد له مجلس فاختلف الحضور بين براءته، وإدانته، وكان في طرف الإدانة القاضي البدر ابن جماعة.
عندئذ خُيِّر بين أمور ثلاثة: العودة إلى دمشق، أو البقاء بالإسكندرية بشروط، أو الحبس فاختار الحبس، فألح عليه جماعة من رفاقه ليسير معهم إلى دمشق ويقبل الشروط فوافقهم فركب خيل البريد ليلة ١٨/ ١٠/ ٧٠٧.
وبسببها ألف كتابه في الاستغاثة المعروف باسم: الرد على البكري.
السَّجْنَة الرابعة: بمصر في قاعة الترسيم من آخر شهر شوال سنة ٧٠٧ إلى أول سنة ٧٠٨ أي لمدة تزيد عن شهرين.
ذلك أنه لما اختار بعد السجنة الثالثة السفر إلى دمشق بشروط، رَدُّوْه من مثاني الطريق يوم ليلة سفره ١٨/ ١٠/ ٧٠٧ بمشورة نصر المنبجي الحلولي، الذي يحتل مكانة عند الوالي، فَعُرِض الشيخ على قضاة المالكية، فاختلفوا، فلما رأى الشيخ ذلك قال: «أنا أمضي إلى الحبس وأتبع ما تقتضيه المصلحة» فعكف عليه الناس زيارةً وتعلمًا واستفتاءً.
وفيه حصلت له قصة مع رهبان النصارى الثلاثة، وقد ساقها تلميذه الغياني مع وقائع أخرى في نحو عشر صفحات فلتنظر في هذا الجامع (ص ١٥٦ - ١٦٣).
السَّجْنَة الخامسة: الترسيم عليه بالإسكندرية في ١/ ٣/ ٧٠٩ إلى ٨/ ١٠/ ٧٠٩ دون مرافق معه تحت نظر الولاية. وهذه مكيدة أخرى من نصر