(٢٤٨) لوحة في بعض أوراقه تآكل. لهذا الجزء صورة "ميكروفيلم" في جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية رقم (٤٠٤٨) أولها غير واضح والمقروء يبدأ من لوحة (١٩).
الجزء الثاني: مفقود.
الجزء الثالث: يبدأ من أول سورة "يونس" إلى آخر سورة "الأنبياء" يقع في (٢٥٤) لوحة، به خرم من أثناء سورة "يونس"، بأوراقه تآكل من السوس، وبعض ترقيع أضاع قليلًا من الكلمات، له نسخة "ميكروفيلم" في جامعة الإمام تحت رقم (٨٠٤٩).
الجزء الرابع: يبدأ من أول سورة "الحج" إلى آخر "الشورى" عدد أوراقه (٢٥٢) لوحة بينما كتب على ظاهره (٢٤٥) ورقة، سليم من التلف والسوس، سوى ما أصاب كعب التجليد، له صورة "ميكروفيلم" في جامعة الإمام رقم (٨٠٥٠).
الجزء الخامس: من أول سورة "الزخرف" إلى آخر القرآن الكريم يقع (٢٠٩) لوحة في آخره: "والله أعلم بالصواب هذا آخر الكتاب. ثم قال الشيخ المفسر ﵀ في نسخته الأصل: وقد يسر الله تعالى وله الحمد لحسن توفيقه تحرير هذا الكتاب الذي لم يسبق إلى مثله في هذا الباب ... والحمد لله فوق حمد العارفين، وفوق شكر الواصفين وصلواته وتحياته على المبعوث بالبيان الساطع والبرهان اللامع والقرآن الكريم والكتاب الحكيم، محمد النبي وعلى أصحابه أجمعين آمين، يا رب العالمين، وذلك لعشر بقين من ربيع الأول سنة ست وأربعين وأربعمائة والحمد لله". ونظرًا لكون هذِه النسخة من أتم النسخ وأوثقها وأوضحها وأقدمها تاريخًا اعتمدت عليها وجعلتها أصلًا ورمزت لها بالرمز (أ).