منهج التحقيق كان عملي في المخطوط الذي بين أيدينا على الوجه التالي: ١ - التقديم للكتاب، بالتعريف بالمصنّف والمخطوطة وصحة نسبتها، وبيان منهج المؤلف في الكتاب، وبيان منهج المحقّق. ٢ - ضبط النص وتحريره. ٣ - الإشارة إلى ما سقط سهوا عن المؤلف من مواضع المتشابهات. ٤ - التنبيه على ما وضع في غير بابه. ٥ - توضيح بعض المصطلحات التي استخدمها الكتاب، مثل: «فرد»، «حرف»، «الرفع»، «الفتح»، «الكسر» ... إلخ. ٦ - تحديد بداية صفحات المخطوط. ٧ - التعليق على الإشارات التي تبدو غامضة، بما يوضح معناها. ٨ - وضع أرقام الآيات التي وردت بجانبها، وعدم وضعها في الهامش، وذلك لسببين؛ هما: الأول: عدم تشتيت القارئ بين الهامش والمتن. الثاني: الإشارة إلى أرقام الآيات بالهامش سيعمل على تضخيم الكتاب دونما فائدة. ٩ - وضع أسماء السور كما وردت بالمصحف بين معقوفتين بجانب اسم السورة الذي اختاره المصنف.