أصدر المركز الكتب التالية: ١- مجتمع الحجاز في العهد الأموي بين الآثار الأدبية والمصادر التاريخية. د. عبد الله بن سالم الخلف. الكتاب مناقشة منهجية لروايات الأصفهاني وبعض المستشرقين وطه حسين وشوقي ضيف حول مجتمع الحجاز. ٢- أخبار المدينة لابن زبالة لمحمد بن الحسن بن زبالة ت ١٩٩هـ. جمع وتوثيق ودراسة: صلاح عبد العزيز زين سلامة. أقدم كتاب في تاريخ المدينة المنورة أصله مفقود، قام الباحث بجمع نصوصه من المصادر التي نقلت عنه. ٣- المدينة المنورة في مائة مخطوط. فهرس تحليلي لمائة مخطوط عن المدينة المنورة يعرض محتويات كل مخطوط وفهارس لخدمة الباحثين. ٤- مخطوطات مكتبة بشير آغا بالمدينة المنورة، إعداد فريق من باحثي المركز. فهرس وصفي لمخطوطات مكتبة بشير آغا التي بلغ عددها ١٨٣٢ مخطوطًا. ٥- المغانم المطابة في معالم طابة، تأليف مجد الدين محمد بن يعقوب الفيروزابادي ت ٨١٧؟. تحقيق: فريق من الباحثين. أوسع المصادر التاريخية عن المدينة المنورة يتحدث عن فضائل المدينة ومعالمها وتاريخها وأعلامها والمسجد النبوي. ٦- أثر الوقف الإسلامي في الحياة العلمية بالمدينة المنورة، إعداد: سحر بنت