المذكورة مرض السلطان واشتد به المرض فحمل إلى دمشق ثم توفي في صفر سنة تسع وثمانين وخمسمائة ونقل اللَّه روحه الزكية إلى مستقرها من جنات النعيم ﴿مَعَ الَّذِينَ أَنْعَمَ اللَّهُ عَلَيْهِمْ مِنَ النَّبِيِّينَ وَالصِّدِّيقِينَ وَالشُّهَدَاءِ وَالصَّالِحِينَ وَحَسُنَ أُولَئِكَ رَفِيقًا﴾ [النساء: ٦٩]، ودفن -رحمه اللَّه تعالى- في الجانب الشمالي من الجامع الأموي في الرواق الغربي من "الكلاسة"، وقبره الآن ظاهر هناك مقصود بالزيارة، ولما تسامع أهل الآفاق بوفاته كثر فيها وفيما والاها من النواحي النواح والعويل والضجيج وعظم الأسف واشتد القلق وهو واللَّه بذلك حقيق.
وخلف من الأولاد سبعة عشر ذكرًا منهم العزيز صاحب مصر والأفضل صاحب دمشق والظاهر صاحب حلب وغيرهم وبنتا واحدة، فأما ولده العزيز فإنه قدم دمشق ومعه "عمه الملك العادل أبو بكر فنازل دمشق وحاصر أخاه الأفضل فحاصر العسكر على الأفضل وفتحوا دمشق"، ودخلها العزيز هو وعمه العادل ثم رجع العزيز إلى مصر وأقام العادل بدمشق واستولى عليها وأخرج منها أولاد أخيه صلاح الدين وأعطى الأفضل صرخد ثم هدم العادل يافا بعد أن أخذها بالسيف