أما مرحلة الإخراج الفنيّ والنهائي للكتب، وذلك باختيار الحرف المناسب والحجم المناسب، والتنسيق والتصحيح وإدخال التعليقات والحواشي، فبدأت مع أوائل تحقيق الكتب والتعليق عليها، فشارك فيها أولًا الأخ سلطان البدر لأشهر قليلة، ثم تولاها الأخ خالد محمد جاب الله، فنسق الكتب المحققة، وأعاد تنسيق الجزء المنتهي منها ــ وهو قليل ــ لتوحيد المواصفات في جميع الكتب، وقام أيضًا بصف الكتب الجديدة التي لم تُنسخ وهي لا تقل من حيث العدد عما نُسخ في المرحلة الأولى. وكان للأخ خالد جاب الله جهد مشكور في حُسن الإخراج، وقلة الأخطاء، والصبر على كثرة التصحيح والمراجعة والتعديل. علمًا بأن مجموع عدد صفحات هذه الموسوعة المباركة بلغ (١٢.٤٥٧) صفحة. المرحلة الرابعة: التحقيق وما إليه كانت الخطة الأوّلية التي اقترحتُها على شيخنا بكر أبو زيد ﵀ وكتبتُ بها إليه ووافق عليها= تقضي بأن يتولّى مهمة التحقيق فريقٌ مكوّن من ثلاثة باحثين أو أربعة، باحثٌ رئيس ومعاوِنَين أو ثلاثة، وكان القصد من ذلك أن يكون العمل في جميع كتب الموسوعة على منهجيّة واحدة منضبطة من التحقيق والتعليق، فإنه من المعلوم أنه كلما قلَّ عدد الفريق العلمي انضبطت المنهجية وقلّ الخلاف. وكان من الأغراض أيضًا أن هذا الفريق يستطيع أن يكشف علاقة الرسائل والقطع والأوراق الطيارة ببعضها ومن ثَمّ يربط بعضها ببعض، وكذلك يكشف المباحث المتشابهة؛ فيسْهُل على الفريق الذي سبق وصفُه معرفة كلّ ذلك ويتمكن من التعامل معه.