حبسه بأمر أبى جعفر ولما تيقن أبو جعفر أن الثوري لا يعدل عن نهجه في نقد الحكومة ولا يبالى في مؤخذتها أي مؤخذة كانت أراد أن يحبسه وينتقم منه انتقاما تاما. فكتب الى محمد بن إبراهيم عامله على مكة، بحبس رجل من آل أبى طالب كان بمكة، وبحبس ابن جريج وعباد بن كثير والثوري. فحبسهم. ثم اطلقهم من الحبس بغير إذن أبى جعفر. فغضب عليه أبو جعفر أمر أبى جعفر بصلب الثوري ولما لم تصل يد أبى جعفر الى الثوري وظن أنه قد خاب بعث الخشابين حين خرج الى مكة في سنة ١٥٨ هـ (٧٧٤ م) وقال (إن رأيتم سفيان الثوري فاصلبوه) فجاء النجارون ونصبوا الخشب، ونودى سفيان وإذا رأسه في حجر الفضل بن عياض ورجلاه في حجر ابن عيينة. فقالوا: (يا أبا عبد الله، اتق الله ولا تشمت بنا الاعداء) فتقدم الى أستار الكعبة ثم أخذها. ثم قال (برئت منه، ان دخلها أبو جعفر) فمات أبو جعفر قبل أن يدخل مكة. فأخبر بذلك سفيان. فلم يقل - حضوره عند المهدى ولما مات أبو جعفر في سنة ١٥٨ هـ، ظن الثوري أن الخلاف الذى كان بينه وبين الحكومة قد دفن معه. وكان قد قاسى الشدة حين اختفائه بمكة. فكان لا يرى ان يبقى على تلك الحالة الصعبة، بل يود أن يسالم الحكومة ويسمك لسانه. فجاءوا به الى المهدى. فلما دخل عليه الثوري، سلم تسليم العامة، والربيع قائم على رأسه متكئا على سيفه يراقب أمره. فأقبل عليه المهدى بوجه طلق، وقال