بعد اكتمال مؤلفاته العظيمة النفع، وبعد عطاء متميز وتفرغ للعبادة، انتقل الشيخ محمد بن محمد سالم إلى الرفيق الأعلى، وكان ذلك يوم الجمعة بعد صلاة الظهر آخر يوم من شهر ذي الحجة (١٣٠٢ هـ)، وذلك ما يرمز إليه بالحروف الشيخ محمد الخضر بن المكي بقوله:
قي عام شسب قد توى المجدِّدُ … نجل محمد سالم محمدُ
ولما توفي بموضع يسمى "آمدَكن" بين منطقة تيرس المغربية و"الكْرَبْ" قام أبناؤه وتلامذته الكثيرون بنقله حملا على الأعناق إلى مكان يسمى "دُومِسْ" في منطقة تيرس؛ يبعد حوالي ٨٥ كلم من "آوسْرِدْ" التابع لمدينة. "الداخلة".
والله الموفق