في الآب والآب فيّ" ١٤: ١٠. ويتعارض هذا الإنجيل مع الأناجيل الأخرى في أمور مهمة جدا وحاسمة: - فهو يذكر أن المسيح ص٢لب يوم ١٤ نيسان "أبريل"، بينما يفهم من بقية الأناجيل أن الصلب كان يوم ١٥ نيسان. - ولا يذكر يوحنا في إنجيله تفاصيل رواية القربان المقدس، أو العشاء الأخير، التي أصبحت فيما بعد شعيرة من شعائر المسيحية. - ولا يذكر أن المسيح تعمّد بواسطة يوحنا المعمدان. - وفي حين يفهم من إنجيل يوحنا أن رسالة المسيح استغرقت ثلاثة أعوام، فإنه يفهم من الأناجيل الأخرى أنها استغرقت عاما واحدا. - ويوحنا هو الوحيد الذي ذكر أن المسيح أخبر تلاميذه قبل صلبه أنه سيرسل "الفارقليط". - ولقد أوردت الموسوعة البريطانية قول الأسقف "بابياس" - المتوفى سنة ١٣٠ م- أي المعاصر لمرحلة كتابة الأناجيل - عن وجود أكثر من يوحنا - يوحنا بين زبدي، الحواري..