وفي منهج التربية الإسلامية يكون البحث في العلوم والمعرفة وفق الأساليب العلمية المعتبرة التي تتفق مع ديننا الإسلامي الحنيف، ولم يمنع الإسلام البحث والاستقراء في المجالات النافعة، بل شجع عليها برفع منزلة العلماء. قال تعالى: ﴿يَرْفَعِ اللَّهُ الَّذِينَ آمَنُوا مِنْكُمْ وَالَّذِينَ أُوتُوا الْعِلْمَ دَرَجَاتٍ وَاللَّهُ بِمَا تَعْمَلُونَ خَبِيرٌ﴾ ١.
وأما التعامل مع المعرفة بالطرق الفلسفية التي يتعارض أسلوبها وميدانها مع الإسلام، فالواجب الابتعاد عن ذلك البتة؛ لأن المناقشة والبحث العلمي، الذي يعتمد على ما جاء به الإسلام يعتبر من مسلمات المنهج الإسلامي البحت الذي يختلف تمامًا عن المنهج الفلسفي الغربي؛ لأن الفلسفة كما سبق تتعارض مع الإسلام في أسلوبها، وبعض ميادينها، بل لا اتفاق بين أربابها في معناها وأسلوبها، فكل فيلسوف ينظر إلى الأمور من زاويته التي قد تضيق أو تتسع وتشطح، فأصحابها مختلفون غير متّفقين.