إلى أن تشفع فيه مهنا أمير آل فضل فأخرج في ربيع الأول في الثالث والعشرين منه وأحضر إلى القلعة ووقع البحث مع بعض الفقهاء فكتب عليه محضر بأنه قال: أنا أشعري. ثم اجتمع جماعة من الصوفية عند تاج الدين ابن عطاء فطلعوا في العشر الأوسط من شوال إلى القلعة وشكوا من ابن تيمية أنه يتكلم في حق مشايخ الطريقة، وأنه قال لا يستغاث بالنبي صلى الله عليه وسلم. فاقتضى الحال أن أمر تيسيره إلى الشام فتوجه على خيل البريد، وكل ذلك والقاضي زين الدين ابن مخلوف مشتغل بالمرض. وقد أشرف على الموت فبلغه سير ابن تيمية، فراسل النائب فرده من نابلس، وادعى عليه عند ابن جماعة وشهد عليه شرف الدين بن الصابوني وقيل أن علاء الدين القوفي شهد عليه أيضاً فاعتقل بسجن حارة الديلمبة في ثامن عشر شوال إلى آخر شهر صفر سنة ٧٠٩ هـ فنقل إليه أن جماعة يترددون إليه وإنه يتكلم عليهم في نحو ما تقدم، فأمر بنقله إلى الإسكندرية، فنقل إليها في آخر صفر وكان سفره بصحبة أمير مقدم ولم يمكن أحداً من جهته من السفر معه. وحبس ببرج شرقي. ثم توجه إليه بعض أصحابه فلم يمتعوا منه، فتوجهت طائفة منهم بعد طائفة وكان موضعه فسيحاً، فسار الناس يدخلون عليه ويقرؤون عليه ويبحثون معه، فلم يزل إلى أن عاد الناصر إلى السلطنة، فشيع فيه عنده فأمر بإحضاره فاجتمع به في ثامن عشر شوال سنة ٧٠٩ هـ فأكرمه وجمع القضاة فأصلح بينه وبين القاضي المالكي فاشترط المالكي أن لا يعود فقال له السلطان قد تاب وسكن القاهرة، وتردد الناس إليه إلى أن توجه إلى صحبة الناصر إلى الشام بنية الغزو سنة ٧١٢ هـ فوصل إلى دمشق وكانت غيبته فيها أكثر من سبع سنين، وتلقاه جمع كثير فرحاً بمقدمه، وكانت والدته إذ ذاك حية ثم قاموا عليه في شهر رمضان سنة ٧١٩ هـ بسبب قوله إن الطلاق الثلاث من دون تخلل رجعة بمنزلة طلقة واحدة.

ثم عقد له مجلس آخر في رجب سنة ٧٢٠ هـ ثم حبس بالقلعة ثم أخرج في عاشوراء سنة ٧٢١ هـ ثم قاموا عليه مرة أخرى في شعبان سنة ٧٢٢ هـ بسبب مسألة الزيارة واعتقل بالقلعة فلم يزل بها إلى أن مات في ليلة الاثنين في ٢٠ من شهر ذي القعدة سنة ٧٢٨ هـ بجامع دمشق وصار يضرب به المثل لكثرة من حضر جنازته وأقل ما قيل في عددهم أنهم خمسون ألفاً.