مشتبهات القرآن ذكر بروكلمان (٢/ ١٩٩): أنه يوجد ثلاث مخطوطات لهذا الكتاب، هي: الأولى: في باريس (أول ٦٦٥) رقم ٤، بعنوان: «المشتبه في القرآن». الثانية: في الكتبخانه العمومية باستانبول (٤٣٦) بعنوان: «مشتبهات القرآن»، ومنها نسخة مصورة بمعهد المخطوطات العربية بالقاهرة، تحت رقم ٢٤٠/ تفسير، وعدد لوحاتها (٨٠) ثمانون، وتشتمل اللوحة على صفحتين، كل صفحة (١١) إحدى عشر سطرا، وهي أدق وأكمل النسخ التي وقعت بين أيدينا، كتبت بخط نسخ جيد، وعليها اعتمد التحقيق، وبدأها المصنف مباشرة بقوله: باب الواحد من سورة البقرة، وآخرها: وَلَمَّا فَصَلَتِ الْعِيرُ تمّ كتاب المتشابه، وتوجد بها العلامة التي تفيد أنها مقروءة ومراجعة. ثم ألحق به أبوابا، أغلب الظنّ أنها من إضافة الناسخ؛ وذلك لأن هذه الأبواب الملحقة تختلف تماما من نسخة إلى أخرى. الثالثة: في مكتبة قولة، بدار الكتب المصرية (١/ ٢٨) رقم (١٥) قراءات، بعنوان: «ما تشابه من ألفاظ القرآن، وتناظر من كلمات الفرقان». وهي رقم (٢) في المجموعة.