١- فهرس الآيات التي وردت في النص أو التي استدللت بها في التعليق مرتبة على ترتيب السور.
٢- فهرس الأحاديث النبوية التي وردت في النص أو التي استدللت بها في التعليق مرتبة حسب حروف الهجاء.
٣- فهرس الآثار مرتبة حسب حروف الهجاء أيضًا.
٤- فهرس الأعلام المترجم لهم في هذه الرسالة حسب الحروف الهجائية. وفي هذه الفهارس الأربعة السابقة بينتُ كل صفحة وردت فيها الآية أو الحديث أو الأثر أو العلَم.
٥- فهرس مصادر ومراجع البحث.. وقد أفردت فيه كل علم على حدة كالقرآن وعلومه، والحديث وشروحه، وأما علم الفقه فإني جعلت مصادر كل مذهب ومراجعه على حدة، متبعًا في هذا الفهرس الترتيب الهجائي ليسهل الرجوع إليه عند الحاجة في أقرب وقت، مع إيضاح عنوان الكتاب واسم مؤلفه، وبيان الطبعة وتاريخها والناشر إن وجد.
٦- فهرس عام للمسائل حسب ترتيبها في الكتاب أذكر فيه رقم المسألة ورقم الصفحة.