من منهجه في الكتاب، استمع إليه إذ يقول في صفحة ٣٩٨ «ولما ولي المهدي أطلق الحسن بن زيد. وله خبر طويل قد وضعناه في موضعه من كتابنا الكبير، إذ كان هذا ليس مما يجري مجرى من قتل في معركة أو غيرها فيذكر خبره هنا» ويشير أبو الفرج إلى خروج جماعة من الطالبيين في ثنايا ترجمة ثم يعقب على إشارته بقوله في صفحة ٦١٦ «ولهؤلاء أخبار قد ذكرناها في الكتاب الكبير، لم يحمل هذا الكتاب إعادتها لطولها ولأنا شرطنا ذكر خبر من قتل دون من خرج فلم يقتل» . كما انفردت المخطوطة بترجمة موجزة لمحمد بن القاسم بن علي أثبتها في هامش صفحة ٥٧٧ وقد رجعت إلى النسخة المصورة فوجدتها قد اقتصرت عليها. وقد خلت المخطوطة من تلك السلاسل الطويلة لأمهات المترجم لهم، كما خلت منها المصورة، ولكن بعض هذه السلاسل ثابت في النسخة التي نقل عنها ابن أبي الحديد. من أجل ذلك كله لم أستطع الفصل- كما قلت- في هذه الاختلافات حتى يسفر البحث عن أصول معتمدة موثوق بصحتها. وأمر آخر لا مناص من الإشارة إليه وهو أن المواضع التي أشار إليها أبو الفرج في هذا الكتاب، وأحال فيها على كتاب الأغاني لم أجد لها أثرا في أية طبعة من طبعات الأغاني، وتفسير ذلك عندي سهل يسير، فإن كتاب الأغاني مع الأسف البالغ لم يطبع إلى الآن طبعة كاملة تضم كل نصوصه وأخباره حتى طبعة دار الكتب نفسها، ولست أعني النقص في بعض الأخبار، أو الأشعار، وإنما أعني نقص التراجم الكاملة كترجمة مسلم بن الوليد صريع الغواني التي نقلها ناشر ديوانه عن إحدى مخطوطات الأغاني، وهي ترجمة طويلة تقع في ٣٤ صفحة «١» .