وكان يراقب الله فيما يؤلف ويحدث حتى قال مرة: الحامد والذام عندي سواء أو قال واحد. وقال: إني أرجو أن ألقى الله ولا يحاسبني إني اغتبت أحدًا. وهو بيّن لمن نظر في كتبه في الرجال فإنه أبلغ ما يقول في الرجل الساقط أو المتروك: فيه نظر أو سكتوا عنه وإن بالغ قال منكر الحديث، وقد قال: كل من قلت فيه منكر الحديث فلا تحل الرواية عنه. وله عناية بالعبادة، فقد صلى ذات يوم فلسعه الزنبور سبع عشرة مرة فلما قضى صلاته قال: انظروا أي شيء آذاني في صلاتي، فنظروا فإذا الزنبور قد ورَّمه في سبعة عشر موضعًا ولم يقطع صلاته قال: كنت في آية فأحببت أن أتمها. وكان قليل الأكل جدًا كثير الإحسان إلى الطلبة مفرط الكرم مرض في آخر عمره فعرضوا ماءه على الأطباء فقالوا: إن هذا الماء يشبه ماء بعض أساقفة النصارى فإنهم لا يأتدمون فصدقهم في قولهم وقال: لم ائتدم منذ أربعين سنة، فسئلوا عن علاجه فقالوا: علاجه الأدم، فامتنع حتى ألح عليه المشايخ وأهل العلم إلى أن أجابهم أن يأكل مع الرغيف سكرة. قال الحسن السمرقندي: كان محمد بن إسماعيل مخصوصًا بثلاث خصال: كان قليل الكلام وكان لا يطمع فيما عند الناس وكان لا يشتغل بإمور الناس. وشمائله ﵀ كثيرة، زهدًا وعبادةً وكرمًا وإحسانًا إلى طلبة العلم ﵀ رحمة واسعة.