ولما توفي خليفة جامع المرادية المشهور بالسويقة، العالم الفاضل والمرشد الكامل، ملا خالد الكردي قدس الله سره، عينه لمكانته عنده مكانه وخلفه خلافة مطلقة، وأذن له بالإرشاد وتلاوة الذكر الخوجكاني والتوجه للإخوان في الجامع المذكور، وكتب له صك الخلافة وختمه بخاتمه الشريف انتهى.

ولم يزل في ذلك المكان المذكور يرشد الناس إلى فضائل الأمور، مع تقوى وعبادة وقناعة وزهادة، وذكر وقيام وصلاة وصيام، إلى أن توفي ﵀ وأعلا في مدارج السعادة مرتقاه، وذلك سحر يوم الاثنين تاسع عشر صفر الخير سنة تسع وسبعين ومائتين وألف، ودفن أعلا الله مقامه وبلغه في دار الجزاء مرامه، بتربة كعبة الإسعاد وختم الإرشاد سيدي الشيخ خالد الحضرة في صالحية دمشق، وقد رثاه حفيده عبد المجيد أفندي بهذه المرثية الجليلة وإن كانت في حقه حقيرة وقليلة:

متى يسعف الصبر الجميل ويسعد ... وحزن على حزن يقيم ويقعد

أثار بقلبي ما أثار من الجوى ... فنيرانه بين الجوانح توقد

ورزء يذوب الصخر من صدماته ... ويرجف قاف منه والبحر يجمد

فكم أورث الألباب بحران دهشة ... إلى أن غدت في صدقه تتردد

وشق قلوبًا لا جيوبا مشقة ... ومزق أكبادًا له تتكبد

وأرسل من أهواله سحب عبرة ... بلا فترة بل حين تصدر تورد

على فقد جد طالما جد في العلا ... وأصبح للدين الحنيف يجدد

على العلم والإرشاد والزهد والتقى ... على الجود والإمداد والخير يفقد

على الأمر بالمعروف والنهي زاجرًا ... عن المنكر المطلوب فيه التقيد

على بحر عرفان موارده صفت ... لكل مريد فيه لله مورد

على شمس أسرار تضيء هداية ... وتحيي الطريق المجتبى وتؤيد