امتدت إقامته في دمشق من سنة ١٩١٢ إلى ١٩٢٠ م، وتمثلت هذه الفترة في حياة الإمام بكرة الترحال والتنقل في العالم العربي وبعض البلدان الأوربية.
كما نجده شعلة متوقدة من النشاط والإقبال على تحقيق رسالته التي اختطها لنفسه في خدمة الإسلام، والعمل في ميادينه الشتى التي يرتاح لها ضميره، وتطمئن بها سريرته، ويرضي بها ربه ودينه.
ومن خلال إقامته في دمشق تبرز لنا ثلاث ومضات:
أ - نشاطه العلمي الغزير، ومكانته الرفيعة لدى أهل العلم.
ب - سجنه في معتقل جمال باشا.
ج - جهاده في ألمانيا.
* الإمام ونشاطه العلمي في دمشق:
يتجسد نشاطه العلمي بالعلاقات الوثيقة مع كبار العلماء والأدباء والمفكرين، ومنهم: محمد كرد علي، ومحمد بهجة البيطار، وخليل مردم بك، وخير الدين الزركلي، وغيرهم، وعضويته في (المجمع العلمي العربي)، والتدريس في (المدرسة السلطانية)، ومحاضراته ودروسه الدينية في المسجد الأموي، والنوادي الأدبية.
يقول الإمام في رسالة له من دمشق إلى الشيخ محمد صادق النيفر بتونس: "أما سيرتنا بدمشق، فلم تتغير عن الطريقة التي كنا نسلكها في تونس، وهو أن معظم أدبائها وكبرائها يعرفوننا ونعرفهم، وبالجملة: فقد لقيتُ منهم أخلاقًا حسنة، وآدابًا مؤنسة، وفيما بلغني أنهم راضون عن سيرتنا، ومعجبون بمسلكنا في التعليم" (١).
(١) كتاب "من أوراق ومذكرات الإمام محمد الخضر حسين، رسائل الخضر".