الصعوبات التي واجهت الباحث: ١ - تداخل الموضوعات، فالسماء مثلًا تدخل في الآيات الكونية السماوية، وتدخل في الآيات الكونية المتعلقة بأشراط الساعة، والآيات الكونية المتعلقة بيوم القيامة. ٢ - كثرة الآيات القرآنية عن الآيات الكونية، فقد بلغت حسب عدّ الهيئة العالمية للإعجاز العلمي في القرآن والسنة بمكة المكرمة ١٩٣٥ آية (^١). ٣ - كثرة الأحاديث النبوية عن الآيات الكونية، فقد بلغت حسب عدّ الهيئة العالمية للإعجاز العلمي في القرآن والسنة بمكة المكرمة ١٧٤٤ حديثا (^٢). ٤ - طول الموضوع وخصوصًا في بعض الآيات الكونية، وعلى سبيل المثال فقد صدرت رسالة دكتوراه تتعلق بالسماء في القرآن الكريم فقط من إعداد: د. غالب محمد رجا الزعارير، وكذلك رسالة في الماء له أيضًا. ٥ - كثرة المؤلفات المعاصرة في الإعجاز العلمي مع عدم عنايتها بموضوع البحث. ٦ - كثرة المؤلفات في الإعجاز العلمي باللغات المختلفة مع عدم إجادة الباحث لها.

(^١) انظر: الآيات الكونية في القرآن الكريم من إعداد الهيئة العالمية للإعجاز العلمي بمكة المكرمة، مطبوع بالحاسب الآلي. (^٢) انظر: فهرس الأحاديث الكونية والطبية، إعداد الشيخ: أبو الأشبال صغير أحمد شاغف، والشيخ: إسماعيل القرشي، مطبوع بالحاسب الآلي: ١٤١٦ هـ.