وفي عام 1869 أصيب بمرض عضال؛ فانفلج فالجا نصفيا عطل نصفه الأيسر، ثم أصابته سكتة دماغية؛ فتوفي فجأة بتاريخ 8 شباط 1871 في منزله الكائن في زقاق البلاط بالقرب من «المدرسة الوطنية» البستانية سابقا في بيروت، فجرى لمشهده احتفال عظيم جدا اشترك فيه العلماء والكبراء والتجار وتلامذة المدارس وجم غفير من الناس مما لم يسبق له مثيل؛ فكان ذلك أوضح دليل على سمو منزلته لدى جميع طبقات الشعب من النصارى والمسلمين واليهود. وبعد الصلاة عن روحه نقلت جثته بين تصاعد الزفرات وسكب العبرات وتوالي الحسرات إلى مقبرة الروم الكاثوليك في الزيتونة، وهناك دفن في ضريح خاص نقشت فوقه هذه الأبيات:

هذا مقام اليازجي فقف به

وقل السلام عليك يا علم الهدى

حرم تحج إليه أرباب الحجا

أبدا وتدعو بالمراحم سرمدا

هو مغرب الشمس التي كم أطلعت

في شرق آفاق البلاغة فرقدا

فخر النصارى صاحب الغرر التي

ضربت على ذكرى البديع وأحمدا

هذا عماد العلم مال به القضا

Shafi da ba'a sani ba