وفى سنة 1153 ه. (1740 م.) خضعت بخارى لحكم نادر شاه «1» ولم تستعد استقلالها إلا بعد وفاته. وفى هذا العهد نفسه ظهرت فى بخارى أسرة «بنى منغيت» «2» إذ نادى الأتاليق محمد رحيم من أسرة منغيت بنفسه خانا سنة 1170 ه. (1756 م.) وأخذت بخارى بعد ذلك تسترد شيئا فشيئا شهرتها كمدينة الإسلام والشريعة. وعند ما اعتلى الأمير مظفر الدين شاه العرش (1277 - 1303 ه. (1860 - 1885 م) تغلغل نفوذ الروس فى بلاد ما وراء النهر القديمة. وبعد أن هزم ذلك الأمير عدة مرات اضطر إلى التخلى عن مطالبه فى وادى نهر سيحون الذى استولى عليه الروس، كما تخلى لهم عن جزء كبير من أراضيه الشمالية سنة 1304 ه. (1886 م). أما العاصمة بخارى فلم يتعرض لها الروس إلى ذلك الوقت، ولكن بخارى اتسعت غربا عام 1290 ه. (1873 م). على حساب خيوة «1» التى فتحها الروس. وظل هذا الأمير يحكم تحت نفوذ الروس.

وقد أقيمت الحدود لأول مرة بين بخارى وأفغانستان فى عهد الأمير عبد الأحد خان (1303 - 1328 ه.- 1885 - 1910 م.) وأصبحت مدينة «پنج» بمقتضى الأتفاق الذى عقد بين الروس والإنجليز سنة 1303 ه. (1885 م.) الحد الفاصل بين بخارى وأفغانستان وتخلى الأمير بعد ذلك عن جزء من إقليم «درواز» للأفغان مقابل ضم إقليمى «روشن» و«شغنان» إليه. وفى هذا العهد نفسه نظمت العلاقات بين بخارى وروسيا وأصبحت إمارة بخارى منذ سنة 1305 ه. (1887 م) يخترقها خط حديدى روسى لا يمر بالبلدان الهامة بالإمارة ومن بينها العاصمة بخارى.

وعلى بعد خمسة عشر كيلومترا من بخارى القديمة عاصمة الإمارة أقيم على الخط الحديدى بعض المنشآت الروسية وسميت بخارى الجديدة، وتعرف محطة السكة الحديد بها اليوم باسم «كاكان» " Kagan "، وأصبحت بخارى الجديدة مقر المبعوث الروسى وربطت بالعاصمة بخارى القديمة بخط حديدى أنشئ على نفقة أمير بخارى، ودخلت إمارة بخارى بأجمعها ضمن منطقة النفوذ الجمركى الروسى. ولم تتأثر حضارة بخارى على رغم ذلك بالحضارة الروسية إلا قليلا.

وقد ولى الأمير عالم خان بن الأمير السابق عبد الأحد خان الذى تلقى تعليمه فى روسيا فى مدرسة سانت بطرسبورغ الحربية إمارة بخارى منذ سنة 1328 ه.

Shafi 13