قال محمد بن إسحاق الأصبهاني: سمعت مشايخنا بمصر يقولون: إن أبا عبد الرحمن فارق مصر في آخر عمره، وخرج إلى دمشق، فسئل عن معاوية، وما روي من فضائله، فقال: أما يرضى معاوية أن يخرج رأسًا برأس حتى يفضل؟! وفي رواية أخرى: ما أعرف له فضيلة إلا: لا أشبع الله بطنك، وكان يتشيع، فما زالوا يدفعون في حضنه حتى أخرجوه من المسجد، وفي رواية أخرى: يدفعون في خصيته وداسوه، ثم حُمل إلى الرملة، فمات بها.
وقال الحافظ أَبو الحسن الدارقطني: لما امتُحن النسائي بدمشق، قال: احملوني إلى مكة، فحمل إليها، فتوفي بها، وهو مدفون بين الصفا والمروة.
وكانت وفاته في شعبان من سنة ٣٠٣.
وقال الحافظ أَبو نعيم الأصفهاني: لما داسوه بدمشق، مات بسبب ذلك الدوس، وهو منقول، قال: وكان قد صنف كتاب "الخصائص" في فضل علي بن أبي طالب ﵁ وأهلِ البيت، وأكثر رواياته فيه عن أحمد بن حنبل - رحمه الله تعالى -، فقيل له: ألا تصنف كتابًا في فضائل الصحابة ﵃؟ فقال: دخلت دمشق والمنحرفُ عن علي ﵁ كثير، فأردت أن يهديهم الله تعالى بهذا الكتاب، وكان يصوم يومًا ويفطر يومًا، وكان موصوفًا بكثرة الجماع.
قال الحافظ أَبو القاسم المعروف بابن عساكر الدمشقي: كان له أربع زوجات يقسم لهنَّ، وسراري.
وقال الدارقطني: امتحن بدمشق، فأدرك الشهادة، وتوفي يوم الاثنين لثلاثَ عشرةَ ليلة خلت من صفر سنة ٣٠٣ بمكة - حرسها الله تعالى -، وقيل: بالرملة من أرض فلسطين.
وقال أَبو سعيد عبد الرحمن بن أحمد بن يونس صاحب "تاريخ مصر" في تاريخه: إن أبا عبد الرحمن النسائي قدم مصر قديمًا، وكان إمامًا في الحديث، ثقة حافظًا ثبتًا، وكان خروجه من مصر في ذي القعدة سنة ٣٠٢.