مات رحمه الله تعالى أواخر ليلة الأحد السابع والعشرين من شهر رمضان سنة ألف وإحدى وثمانين بداء البطن. وصلي عليه بالجامع الكبير المعروف بجامع السوق بالرملة، بعد صلاة الظهر، وحصل للناس عليه غاية الانزعاج والتأسف حتى أهل الذمة من اليهود والنصارى رجالا ونساء. وصلى عليه ابن أخته وتلميذه العلامة تاج الدين، ودفن بمكان بحارة الباشقردي قريبا من مدفن الشيخ أبي عبد الله محمد البطائحي من جهة القبلة بوصية منه ورثاه الناس في غالب البلاد رحمه الله تعالى. الشيخ محمد البقري الأزهري ومنهم الشيخ المعمر قطب الوجود، شيخ الإقراء في البلاد المصرية الشيخ الإمام محمد بن الشيخ قاسم بن إسماعيل البقري الأزهري. أخذ القراءات بسائر أنواعها عن الإمام العلامة الشيخ عبد الرحمن ركن الدين اليمني شيخ الإقراء في البلاد المصرية عن والده شحادة اليمني، وعن الشيخ شهاب الدين أحمد بن عبد الحق السنباطي. عن شحادة اليمني المزبور، وإنما أخذ عن الشيخ أحمد بن عبد الحق لأنه مات والده وهو يقرأ عليه في سورة الأنعام فأكمله على ابن عبد الحق، وشحادة أخذه عن الشيخ ناصر الدين الطبلاوي، عن شيخ الإسلام القاضي زكريا الأنصاري، عن الشيخ عثمان الزبيدي، عن الحافظ أبي الخير محمد شمس الدين بن الجزري إمام كل مقرئ. قال شيخنا المرحوم صاحب هذه المشيخة: قرأت على الشيخ محمد البقري حين توجهت إلى مصر سنة ١٠٧١ للهجرة إفرادًا وجمعًا للعشرة من طريق الطيبة ختمًا كاملًا، وأفرد لي للأربعة التي فوق العشرة. ويروي الشيخ محمد البقري الحديث وغيره من العلوم عن الجماعات منهم الشيخ شمس الدين الفيومي، عن الحافظ عبد الرحمن ابن أبي بكر السيوطي رحمه الله تعالى رحمة واسعة. ومنهم العلامة برهان الدين إبراهيم اللاقاني المالكي عن سالم السنهوري، عن النجم الغيطي، عن الشيخ زكريا. الشيخ الإمام محمد بن داود العناني الأزهري قال شيخنا: ومن مشايخي مفخر العلماء العاملين، وفخر الصلحاء المتجردين: الشيخ المعمر، منهل الواردين، الشيخ محمد العناني المصري، عن الشهاب الخفاجي، عن الشيخ إبراهيم العلقمي، عن أخيه الشمس العلقمي مُحَشيِّ الجامع الصغير، عن الحافظ السيوطي. قال: أذن لي أن أروي عنه أبياتًا أنشدها بمكة المشرفة: من الطويل روينا وصايا عن هداة كثيرة ... تضوع إذا استعملتها ضوع عنبر وما الوعظ من كل الخلائق شافيًا ... ولكن ما ترويه من ذاك عن بري وذكر أبياتًا أخرى. ويروي الشيخ إبراهيم العلقمي أيضا عن شيخ الإسلام شهاب الدين أحمد بن حمزة الرملي، والناصر اللاقاني، والشهاب البلقيني، والشمس العلقمي. وهؤلاء الثلاثة عن شيخ الإسلام القاضي زكريا، عن الحافظ ابن حجر العسقلاني، وأخذ الشهاب الرملي عن الحافظ محمد بن عبد الرحمن السخاوي، وعن العلامة الشيخ خالد الأزهري ﵀ عن الحافظ العسقلاني. قال في كتابه مقدمة فتح الباري: أخبرنا أحمد بن أبي بكر بن عبد الحميد الحافظ، عن أبي ربيع بن أبي طاهر قدامة عن الحسن ابن السيد العلوي، عن أبي الفضل بن طاهر الحافظ، عن أحمد بن محمد بن رميح النسفي، عن حماد بن شاكر، عن الإمام الحجة محمد بن إسماعيل بن إبراهيم البخاري الجعفي رحمه الله تعالى. قال الحافظ في المقدمة أيضا: أخبرني أبو محمد عبد الله بن محمد بن سليمان المكي، قال: أخبرنا إمام المقام أبو أحمد إبراهيم بن محمد بن أبي بكر الطبري، قال: أخبرنا أبو القاسم عبد الرحمن بن أبي حرمي المكي، قال: أخبرنا أبو الحسين علي بن حميد بن عمار، قال: أخبرنا أبو مكتوم عيسى ابن الحافظ أبي ذر عبد بن أحمد الهروي، عن أبيه أبي ذر المذكور قال: أخبرني الشيوخ الثلاثة الحافظ أبو إسحاق إبراهيم بن أحمد المستملي، وأبو محمد عبد الله بن أحمد السرخسي، وأبو الهيثم محمد بن مكي الكُشمِيَهني قالوا: أخبرنا أبو عبد الله محمد بن يونس بن مطر بن صالح الفربري قال: أخبرني أبو عبد الله محمد بن إسماعيل بن إبراهيم البخاري بالجامع الصحيح وذلك بقراءتي عليه مرتين مرة بفربر ومرة ببخارى انتهى.