وإن مما يستدرك على عمله – ﵀ – قصوره في فهرسة الحروف والضمائر الواردة في الكتاب العزيز؛ إذ اقتصر على ألفاظ القرآن – أسماء وأفعالًا – وبعض الحروف (١)، دون وضع منهج واضح في فهرستها (٢) . ولعلّ هذا ما حدا ببعض الباحثين إلى تأليف معاجم مكملة لعمله، كـ" معجم الأدوات والضمائر في القرآن الكريم " للدكتور إسماعيل عمايرة والدكتور عبد الحميد السيد (٣)، فقد عدّا عملهما تتمة لمعجم محمد فؤاد عبد الباقي (٤)، وكذلك " معجم حروف المعاني في القرآن الكريم " لمحمد حسن الشريف (٥)، الذي نوه في مقدمته (٦) إلى أن كتابه يعد إضافة متواضعة إلى الجهود السابقة لوضع فهارس شاملة للقرآن الكريم، مثل: المعجم المفهرس لألفاظ القرآن الكريم. ومما يستدرك عليه – أيضا – عدم كتابة الآيات الكريمة وفق الرسم العثماني تبعًا لخط المصحف. وخلو الآيات من الضبط التام بالشكل، مما يتحتم على الباحث العودة إلى المصحف الشريف في كل مرة يستشير فيها المعجم.

(١) ينظر: المعجم المفهرس (بلى) ١٣٦، (سوف) ٣٧١، (مع) ٦٦٨ وغيرها. (٢) أشار إلى هذا د. محمد عبد الخالق عضيمة في كتابه دراسات لأسلوب القرآن الكريم. تنظر: المقدمة ١ / ٣. (٣) صدرت طبعته الأولى عام ١٤٠٧ هـ. (٤) تنظر: المقدمة: ١٠. (٥) نشرته مؤسسة الرسالة ببيروت – في ثلاثة مجلدات – عام ١٤١٧ هـ. (٦) معجم حروف المعاني ١ / ح.