إلا أن الهضم الميكانيكي الرئيسي يتم في الأمعاء بواسطة الحركة التمعجية peristalsis، حيث تقوم الألياف العضلية المستعرضة في جدار الأمعاء بحركة عاصرة وضاغطة مما يخلط كتلة الكيموس بالعصارات البنكرياسية والمرارية والمعدية، بينما تؤدي حركة الألياف العضلية الطولانية إلى دفع الكتلة الغذائية إلى الأمام، كما أن حركة الأمعاء تشكل منبهًا أو محفزًا للإفرازات الهاضمة وتزيد من إمداد الدم للأعضاء الهاضمة [٩] . وتختلف السرعة التي يتم بها تحريك الطعام وفقا لتركيبه وقوامه. فبينما تبدأ الأطعمة السائلة بمغادرة المعدة بعد ١٥-٣٠ دقيقة من تناولها، تمكث الأطعمة الصلبة والدهنية مدة قد تصل إلى ٦ ساعات. وتتراوح المدة اللازمة لوصول كتلة الطعام إلى الأمعاء الغليظة من ٢.٥ إلى ٥.٥ ساعات. أما المدة التي تستغرقها كتلة الفضلات لتطرح على شكل براز فهي من ٢٠ إلى ٣٦ ساعة بعد تناولها [٩] . ب- الهضم الكيميائي chemical digestion. يتم إفراز ٨-٩ لترات من العصارات.