وكان من المؤمل في بداية العمل أن نصنع لكل كتاب نوعين من الفهارس، الفهارس اللفظية، والفهارس العلمية، كما هو دأبنا في مشروع مؤلفات ابن القيم، لكن رأينا أن صنع الفهارس العلمية على ذلك النحو سيؤخّر طباعة المشروع لأشهر كثيرة، فاتخذنا طريقة وسطًا وهي صنع الفهارس اللفظية: الآيات والأحاديث والآثار والأعلام والكتب والأشعار، ثم فهرس موضوعي يشتمل على فوائد الكتاب وإن لم يكن مقسمًا على الفنون، وقد استطعنا إنجاز كل فهارس الكتب بهذه الطريقة، ولله الحمد والمنة. وقد شارك في صنع الفهارس محققو بعض الكتب، واستعنّا لإنجازها ببعض الأفاضل من الباحثين، كالشيخ نبيل السِّندي الباحث في المشروع، والشيخ زاهر بالفقيه، وشاركنا في بعضها الدكتور جمال حُديجان. وغالب من قام بصنع فهارس الآيات الأخ الفاضل خالد محمد جاب الله الصفيف الرئيس في المشروع. وقد سمّينا في مقدمة كل كتاب مَنْ قام بصنع فهارسه؛ اعترافًا لكل واحد من المشاركين بدوره. المرحلة السابعة: تكميلية نهائية بعد الانتهاء من هذه المراحل صارت الكتب جميعًا جاهزة للطبع، لكنّا أعدنا النظر في جميع كتب هذه الموسوعة كَرَّة جديدة وذلك بالمرور عليها صفحة صفحة، لاستكمال جاهزيتها وعدم وقوع نقص في أوراقها، أو تصحيحِ ما لم يعدّل من تصحيحاتها، أو ملْء فراغ لم يُملأ أو استدراك ورقة سقطت أو تحوّلت من مكانها. وقد صححنا في هذه الجولة من المراجعة ما يزيدُ العملَ صحةً وإتقانًا وبهاءً. وشاركنا في هذه المرحلة الشيخ مصطفى بن سعيد إيتيم.