كتاب "البستان في إعراب مشكِلات القرآن" له نسخةٌ مخطوطةٌ واحدة محفوظةٌ بالمكتبة المتوكِّليّة بالجامع الكبير بصنعاءَ باليمن برقم (١٠٦ - تفسير)، ومنها مصوَّرةٌ بدار الكتب المصرية برقم (٢٩١٣٦).

وهذه النُّسخة -فيما يبدو- هي الجزءُ الثاني من الكتاب؛ لأنّها تبدأُ بسورة الأنبياء، ولم أجدْ أَيّةَ إشارةٍ فيما رَجَعتُ إليه من فهارسِ المكتبات أو غيرِها إلى وجود نسخةٍ كاملة من الكتاب، أو نسخةٍ أخرى للجزء الموجود منه.

ومصوَّرةُ دار الكتب المصرية تنتهي باللوحة رقم (٢٦٠/ أ) من الكتاب عند قول المؤلِّف: "فَصْلٌ: عن عَلِيِّ بن أَبِي طالب ﵁ أنه قال: "يَأْتِي على الناس زَمانٌ لا يبقى من الإسلام إلا اسْمُهُ ولا من القرآن إلا".

وقد أشار مَنْ صوَّر هذه النُّسخة بدار الكتب المصرية إلى أنّ الباقيَ سقَطَ من التصوير، فاجتهدتُ في البحث عن بقيّة هذه النسخة، فوجدتُ أن فِهرِس المخطوطات بمركز البحث العلميِّ وإحياء التراث بجامعة أُمِّ القرى بمكةَ المكرَّمة أشار إلى أنّ بالمركز نسخةً مصوَّرةً للبستان برقم (٨٦٢ - تفسير)، فأرسلتُ في طلبها، فوجدتها مصوَّرةً عن نسخة دار الكتب المصرية، إلّا أنها تنتهي بآخِر القرآن الكريم، ويبدو أن القائمينَ على المركز قد أكملوا النقصَ الواقعَ في مصوَّرة دار الكتب المصرية عن الأصل المحفوظ بمكتبة الجامع الكبير بصنعاء.