منهجه في كتاب المسائل: - لقد رتب الإمام إسحاق بن إبراهيم بن هانئ هذه المسائل على الأبواب الفقهية، ثم ضمنها أيضا بعض الأبواب المتعلقة بالعقائد، ثم ختمها بكتابي التاريخ والعلل. - أنه في الغالب يوجه السؤال إلى الإمام أحمد بلفظ: "سألت أحمد" أو "سألته" أو يقول: "سُئل أحمد"، أو يقول: قيل لأحمد وهكذا. - أحيانًا يحاور الإمام أحمد، ويعيد ذكر السؤال إذا صدر من غيره، وكان موافقًا لسؤاله (^١). - أنه يستدل أحيانا لبعض المسائل بأحاديث مرفوعة إلى النبي ﷺ يرويها عن الإمام أحمد. - كان أحيانًا يعرض على الإمام أحمد حديثًا نبويًا من أجل معرفة درجته. - أحيانًا يعرض عليه قول صحابي، أو تابعي للوقوف على رأيه فيه. - نجد أنه التزم الاختصار في عرض الأسئلة، وكذلك في أجوبة الإمام. - أن المسائل التي أوردها في كتابه كلها من أقوال الإمام أحمد، ولم يورد أقوال غيره من الأئمة الذين هم في عصر الإمام أحمد.

(^١) انظر مسائل ابن هانئ، المسألة (٦٩٣ و٦٩٤).