تاريخ موته ﵀ قال أبو أحمد بن عدي: وسمعت الحسن بن الحسين البزار البخاري يقول: توفي محمد بن إسماعيل البخاري ﵀ ليلة السبت عند صلاة العشاء، في ليلة الفطر، ودفن يوم الفطر بعد صلاة الظهر، يوم السبت مستهل شوال من شهور سنة ست وخمسين ومائتين، وعاش اثنتين وستين سنة، إلا ثلاثة عشر يومًا ﵀. وروى عن أي العباس الفضل بن بسام قال: سمعت إبراهيم بن محمد يقول: أنا توليت دفن محمد بن إسماعيل لما أن مات بخرتنك أردت حمله إلى مدينة سمرقند أن أدفنه بها، فلم يتركني صاحب لنا فدفناه بها، فلما أن فرغنا ورجعت إلى المنزل الذي كنت فيه قال لي صاحب القصر سألته أمس فقلت: يا أبا عبد الله، ما تقول في القرآن، فقال: القرآن كلام الله غير مخلوق، قال: فقلت: إن الناس يزعمون أنك تقول: ليس في المصاحف قرآن ولا في صدور الناس، فقال: أستغفر الله أن تشهد علي بشيء لم تسمعه مني، قال: أقول كما قال الله تعالى: (والطور وكتاب مسطور) وأقول في المصحف قرآن، وفي صدور الناس قرآن، فمن قال غير هذا يستتاب، فإن تاب وإلا فسبيله سبيل الكفر. وروى عن إبراهيم بن مغفل: رأيت محمد بن إسماعيل في اليوم الذي أخرج فيه من بخارى، قال: فتقدمت إليه فقلت: يا أبا عبد الله، كيف ترى هذا اليوم من ذلك اليوم الذي نثر عليك فيه نثر، فقال: لا أبالي إذا سلم ديني، قال: فخرج إلى بيكند، فصار الناس معه حزبين، حزب معه، وحزب عليه إلى أن كتب إليه أهل سمرقند فسألوه أن يقدم عليهم، فقدم إلى أن وصل بعض قرى سمرقند فوقع بين أهل سمرقند فتنة من سببه قوم يريدون إدخاله البلد وقوم لا يريدون دخوله. أن اتفقوا على أن يرحل (...) الخير وما وقع بينهم فخرج يريد أن يركب فلما استوى على دابته قال: اللهم خر لي: (...) ميتًا. واتصل بأهل سمرقند فأتوا بأجمعه فصلوا عليه (...) ﵀.