ومن كتبه التى أثارت ضجة كبرى أيضا كتاب: (علل العبودية .. أو علل الشريعة). ومن الناس من يقول: ان الأحكام لا تعلل، وإن الله سبحانه يذكر الأحكام معللا لها أحيانا، فنعرف علتها نصا، ويترك سبحانه فى الأغلب الأعم التعليل، فنأخذ بالأحكام ولا نتساءل عن التعليل، والعبودية التزام ما أتى به الوحى: التزامه دون فتور أو تباطؤ، أو تردد ودون محاولات للتعليل. فلما أخرج الإمام الحكيم هذا الكتاب ثار عليه هؤلاء ورموه بالانحراف. وألقى الحكيم بنفسه فى معركة الفكر السائدة فكتب من الكتب فى ذلك: ١ - الرد على الرافضة، فأثار الرافضة ضده- (الرافضة هم الشيعة) ٢ - الرد على المعطلة، والمعطلة هم المعتزلة، فأثار المعتزلة ضده. وكتب كتبا كثيرة متعددة، أثارت جدلا ونقاشا، وثورة فكرية فى المجتمع الإسلامي، ومن الكتب التي لها صلة بكتابنا الذي نقدمه الآن كتاب: (الفروق ومنع الترادف). وفكرة الكتاب تقوم على أن الترادف غير موجود فى اللغة العربية، فليس هناك لفظتان بمعنى واحد، وهذا رأى يخالفه فيه كثيرون، وليس هو الرأى العادى، ولم يبال الترمذى بما يشيع عنه الناس، وإنما كتب فى ذلك مبرهنا، ممثلا، فاثار بذلك أيضا جدلا فى الأوساط اللغوية. والكتاب الذى نقدمه هو تفسير للقرآن فى زاوية خاصة جدا هى زاوية بيان أن القرآن خال من المترادفات، وان كل كلمة فيه لها أصلها اللغوى الذى يختلف عن الأصل اللغوى للكلمات التى تشابهها. وطريقته: إن يأتى بالأصل اللغوى للكلمة ثم يورد ما يمكن أن يكون فى تيارها من كلمات قريبة المعنى منها، مبينا الفرق ولو كان يسيرا. ولقد أتى من أجل ذلك بمجموعة من المصطلحات القرآنية، وأخذ فى تفسيرها وبيان أصلها وما تختلف به عما يشابهها من الكلمات وحديثنا النظرى