المراغي شيخ الأزهر – إذ ذاك – ورئيس المجمع في حينه وانتُهي إلى أنه " لن توضع في المعجم كلمة قبل أن يوافق عليها الشيخ المراغي"، ولما عرض منهج العمل فيه – في الجلسة الخامسة للمؤتمر عام ١٩٤٠ – اعترض الشيخ على بندين من بنوده الثمانية، ثم انتهى الأمر إلى قرار بوضع المعجم، ولكن العمل فيه ظل موضعا للنقاش لم يحسم على مدى سنوات عشر؛ حتى ظهرت أولى طبعاته – كما أسلفت – سنة ١٩٥٣ م وامتدت إلى سنة ١٩٧٠ هـ.
وقد نهج المعجم في عرض المادة وفقًا ما يلي (١):
١ – تحرير معاني الألفاظ في ضوء السياق اللغوي، وفي ضوء ما ورد في القرآن من صور المادة في دقة وإيجاز.
٢ – رد اللفظة القرآنية في سياقها المفيد وعدم الاكتفاء باللفظة أو الجملة التي لم تتم إفادتها؛ ومع تجنب الإطالة.
٣ – عرض الكلمة في موطن واحد فقط، وإذا كان للكلمة أكثر من معنى يشار إلى المعاني خلال عرض الآيات.
٤ – تجريد المواد من ذكر الأرقام، وتوضع علامة مميزة أمام بدء المادة أو أمام كل صورة من صورها.
٥ – مراعاة الترتيب الهجائي في عرض المادة.
وأما منهج العرض والتنسيق فروعي فيه ما يلي:
أ - الأفعال:
١ – ترد الأفعال بجميع صورها – أولًا – ثم الأسماء، ولا يذكر تصريف الفعل إلا إذا ورد في القرآن، وحين ترد الألفاظ القرآنية الخالية من الأفعال فالأساس إن تشرح هذه الأسماء بإيجاز، ولا بأس بذكر أصلها بإيجاز.