ومنها (الزيادات) و(زيادات الزيادات): ألفهما بعد (الجامع الكبير) استدراكًا لما فاته فيه من المسائل، ويعدان من أبدع ما كتبه، وقد اعتنى أهل العلم بشرحهما، ويقال في سبب تأليفه للزيادات: أن أبا يوسف فرع فروعًا دقيقة في أحد مجالس إملائه، ثم قال: يشق تفريع هذه الفروع على محمد بن الحسن، ولما بلغه ذلك ألَّف الزيادات لتكون حجة على أن أمثال تلك الفروع وما هو أدق منها لا يشق عليه تفريعها، والله أعلم. ومنها (السير الكبير) وهو من أواخر مؤلفاته، ألَّفه محمد بعد أن انصرف أبو حفص الكبير إلى بخارى فانحصرت روايته في البغداديين مثل: الجوزجاني، وإسماعيل بن توبة القزويني. وتلك الكتب الستة - أعني المبسوط، والصغيرين، والكبيرين، والزيادات - يعد ما حوته من الروايات ظاهر الرواية في المذهب، من حيث إنها مروية بطريق الشهرة أو التواتر، ويعد باقي كتب محمد في الفقه غير ظاهر الرواية لورودها بطريق الآحاد دون الشهرة والتواتر، فمنها (الرقيات): وهي المسائل التي فرغها محمد حيثما كان قاضيًا بالرقة، رواها عنه محمد بن سماعة، ومنها (الكيسانيات): رواها عنه شعيب بن سليمان الكيساني، ويقال لها: (الأمالي)، ومنها (الجرجانيات): يرويها علي بن محمد الجرجاني عنه، ومنها: (الهارونيات)، وله كتاب (النوادر): رواية ابن رستم، وآخر رواية ابن سماعة، وآخر رواية هشام بن عبيد الله الرازي، وآخر رواية أبي سليمان الجوزجاني، وآخر رواية داود بن رشيد، وآخر رواية علي بن يزيد الطبري، وله كتاب: (الكسب) مات قبل أن يتمه، وشرحه السرخسي فى آخر (مبسوطه). وأما التي تغلب فيها رواية الحديث من كتبه، فبين أيدينا منها (الموطأ) تدوين محمد من روايته عن مالك، وفيه ما يزيد على ألف حديث وأثر من مرفوع وموقوف، ما رواه عن مالك، وفيه نحو (مائة وخمسة وسبعين حديثًا) عن نحو (أربعين) شيخًا سوى مالك، وشرحه علي القاري، والبيري شارح الأشباه،